Det finns totalt sju institutioner inom EU och utöver de fyra Europeiska rådet, EU-kommissionen, Europaparlamentet och Rådet är de resterande tre institutionerna EU-domstolen, Revisionsrätten och Europeiska Centralbanken. Utöver de sju institutionerna finns även ett flertal olika organ och byråer såsom till exempel Europeiska ekonomiska och sociala kommittén, Europeiska investeringsbanken, Europeiska ombudsmannen och Europol.
EU-domstolen
EU-domstolen inrättades redan 1952 och är belägen i Palais i Luxemburg. Den består av de två instanserna tribunalen och domstolen. I tribunalen sitter det 
47 domare, medan det i domstolen sitter en domare från varje EU-medlemsstat. Vidare finns det i domstolen även elva generaladvokater, vilka brukar avge olika yttranden och råd när domstolens domare dömer i olika mål.
Syftet med domstolen är att säkerställa att EU-rätten följs av unionens alla medlemsstater. Det uppstår ofta mål där en stat i sin nationella rätt gått emot någon reglering inom EU-rätten. I situationer där nationella regler står i strid med någon bestämmelse inom EU-rätten är det EU-rätten som har företräde. Detta är en princip som finns inskriven i Lissabonfördraget från 2007. Enligt den etablerade så kallade Francovich-principen har enskilda unionsmedborgare även rätt till skadestånd om de drabbats av att deras stat gått emot EU-rätten.
Europeiska revisionsrätten
Revisionsrätten har till uppgift att granska användningen av unionens ekonomiska medel, vilket de gör genom en oberoende granskning av unionens samtliga räkenskaper som de sedan sammanställer i årliga rapporter. Syftet med revisionsrätten är att garantera att skattemedlen från unionsmedborgarna används på ett så effektivt och nyttigt sätt som möjligt. Institutionen är även en sorts rådgivande institution i ekonomiska och finansiella frågor till de lagstiftande institutionerna Europaparlamentet och Rådet.
Revisionsrätten etablerades i oktober 1975 och har sitt säte i den så kallade Kubikbyggnaden i Luxemburg. Arbetet leds av en ordförande, för närvarande är den tyska politikern Klaus-Heine Lehne ordförande. Vidare består revisionsrätten av en revisor från respektive EU-medlemsstat.
Europeiska centralbanken
Den europeiska centralbanken är EU:s motsvarighet till den svenska Riksbanken och utgör alltså euroområdets centralbank. Det är en viktig institution för de länderna som anslutit sig till euron. Som den institution som, tillsammans med de nationella centralbankerna inom euroområdet, ansvarar för euroområdets penningpolitik är denna centralbank en av världsekonomins absolut viktigaste banker. Centralbanken har sitt säte i ECB-byggnaden i den tyska finansstaden Frankfurt am Main.
Centralbanken består av en ordförande som också är centralbankschef, en vice ordförande och fyra ledamöter. Sedan november 2011 är den italienska bankmannen Mario Draghi centralbankschef.